電磁脈衝導彈是一種小型核武器即微當量小型核武，所產生之電磁脈衝，將導致所謂的"C4ISR"，即指揮(COMMAND)，管理(CONTROL)， 通信(COMMUNICATION) ，電腦 (COMPUTER)，情報(INTELLIGENCE)，偵察(SURREILIANCE)及偵測(RECONNAISANCE)都陷入癱瘓(破壞軟硬體，但不殺人)。

電磁脈衝之效應(以下部分摘自清大教授鍾堅先生之文章)
電磁脈衝核攻擊的關鍵技術在於核爆當量。當量超過萬噸級，火球， 震波，落塵等致死效應將觸及地表而造成大量傷亡。利用”內爆”關鍵技術以壓縮彈材臨界質量，可把當量降至千噸級。
電磁脈衡核攻擊必須慎選空炸高度，炸得過低核爆效應會傷及無辜，炸得過高電磁脈衝將禍延自己及鄰國。
千噸級的微型核彈若在距地四十公里的平流層內引爆，瞬間釋出的約九百億焦耳能量的加馬射線與大氣層空氣作用，衍生出大量的電子，均勻分佈在半徑一百公里的對流層頂。這些向地面加速的電子流，雖然只有短短毫秒的壽期，但卻在地表洋面瞬間產生強大的電磁脈衝衝擊波，衍生的電場強可達每米一萬伏特！含金屬導體的裝備設施外觀看似完好無恙，然而內部的微記憶體，邏輯電路，積體電路，二極體，電晶體，切換器及放大器等元件，均因瞬間超載短路，造成無法修復的永久損壞。此外電磁脈衝衝擊波涵蓋範圍內的無線電通訊，均因大氣層荷電密度的劇變，對頻率在超高頻以次的波段，干擾時段可長達一小時以上。
千噸級微當量核彈在平流層內引爆，高溫火球與高壓震波根本打不到地表，微量的輻射落塵被阻滯在平流層內，也不會立即飄降而下。換言之，微當量電磁脈衝攻擊下，無論軍民均毫髮無傷，但賴以為生的資訊通電設施卻永久失效。在電磁脈衝攻擊下，國家有機運作與軍隊均因資訊化而遭癱瘓，大至雷達小至行動電話統統瞬間失效，致使整個防衛機制變得全盲，全聾，全啞，根本無從有效遏止敵之乘虛而入。
跨世紀唯一能在平流層內對頭攔截微當量核彈的是戰區飛彈防禦系統(即TMD之部署)。